Il Giappone viene devastato dagli attacchi dei Kaiju, enormi mostri che minacciano l’umanità. Kafka Hibino trascorre le sue giornate eliminando le loro spoglie per una ditta di smaltimento, ma l'incontro con Mina Ashiro, brillante comandante delle Forze di Difesa, riaccende in lui la speranza di una vita diversa.
